接下来的旅程汽车跟在路卡里奥身后行驶着, 这时候在一个地方路卡里奥停了下来。
“怎么了路卡里奥？”
【我就是在这里被封印的。】路卡里奥看着熟悉也有点陌生的巨石群【为什么, 为什么…】路卡里奥难过的蹲下却正好触动了一个时间之花
在众人惊讶的目光中空间被时间之花的光芒笼罩，艾伦的身影出现在大家面前而接下来便是艾伦封印路卡里奥的场景。
“啊…”小智睁大了眼睛眼睁睁的看着艾伦骑上比雕离开，路卡里奥跪在地上看着以前的自己被封印, 不解和哀伤更加明显。
这个时候后面奔过来大批穿着铠甲的小精灵即使是隔着时间的鸿沟但是在场的众人还是能感受到强烈的冲击力，看着大量的小精灵战队路卡里奥似乎又回到了那个战争年代, 这种直面的刺激让路卡里奥开始有点混乱开始胡款攻击
“清醒一点路卡里奥！这只是幻觉而已！”小智躲避着路卡里奥的波导弹一边试着靠近路卡里奥最后是里奥路看不过去直接一个波导弹扔了过去。好不容易阻止了两个小精灵再次引发的冲突，小智刚刚想要往前走一步时便被两个小精灵推到了一边。
“怎么回事？”在小智刚刚站的位置一个小精灵从地里面冲了出来。
“岩神柱！”琪朵和渡惊讶的开口并且一人一个拉着小遥和小胜离开岩神柱的攻击范围但是汽车就没这么幸运了直接被毁坏了。
“走那边！”路卡里奥指了指岩石的缝隙带领的众人躲避了岩神柱的攻击等一行人消失在岩神柱面前后岩神柱便再次钻入地面不见了。
来到细缝里面的众人被眼前所见到的场面所震撼：小精灵们不管是稀有的还是普遍的都和平的相处生活在这里, 绿意盎然和生机勃勃的场面让大家都松了一口气的感觉。
“这里是世界创始之树的底部。”琪朵打开和外面接通的眼镜, 小智眨眨眼：“那么皮卡丘…”
“在这个的上面。”路卡里奥接口，小智看了渡一眼：“那么我们现在就上去吧。”
“现在也只能这样了。”渡点了点头随后便看见琪朵放了什么装置，“那是什么？”
“直升探测器。”琪朵打开控制器, “这样可以收集更多的资料。”十几个探测机飞向各个方向琪朵打开连接眼镜上的通讯器, “班库斯，有工作了~”
“等候多时了小姐。”一道声音从连接眼镜的耳麦里传来。
琪朵和渡布置完毕后跟上小智他们的步伐但是在它们离去后不久放出去的探测器便被毁了3台, 世界创始之树的守护者们觉醒了。
小智一行人快速的穿梭在石洞不停的往里面跑去。
“小姐, 这座石山是活的。是自然早就的矿石生命体。”班库斯坐在电脑面前不停的扫描着，“而世界创始之树几万年来以光为能量存活下来的。”
小智和路卡里奥先跑到出口但是映入眼帘的确是空旷的峡谷，小智深吸一口气大喊：“喂！皮卡丘——我在这里！”小智沿着道路跑进了世界创始之树的森林里面，“皮卡丘，如果你在的话回应一声啊！”小智的声音传遍了整座山并且因为回音而更加强烈, 在小智期待的呐喊下从山顶传来皮卡丘的回应
“皮卡皮——！”从山顶即使很小但是小智还是发现了那个黄色的小小身影
“皮卡丘，皮卡丘真的在这里。”小智急忙往山顶跑去，“等着我啊皮卡丘。”
“吡——”一道急冻光线拦住小智的去路, 小智从地上爬起来咬牙：“冰神柱…”，冰神柱再次发动急冻光线被路卡里奥和里奥路的波导弹抵消。小智解释道：“我们不是敌人，我们只是来寻找伙伴的！”但是对方似乎没有听见一样继续攻击
【对方不像是能听懂解释的，我们先返回。】路卡里奥说完便往回跑小智不甘的看了皮卡丘一眼往回跑去。
“皮卡皮…”皮卡丘见小智又危险也朝山下跑去，跟着皮卡丘的梦幻疑惑的歪歪头也跟了上去。
在冰神柱的追捕下一行人又重返了世界之树的内部，小智一行人刚想喘口气是却发现在另一头岩神柱和钢神柱已经追了上来。
“为什么他们要一直追捕我们啊！”小智无奈的继续逃命，小遥拉着小胜说道：“难道他们把我们当成敌人了？因为我们擅自侵入世界创始之树？”
“应该是这样了。”渡扔出快龙，“快龙协助路卡里奥拖延三神柱的步伐！”
“里奥路你也去帮忙！”
在三个小精灵的帮助下一行人总算暂时摆脱了追捕，但是迎接他们的确实更加难缠的对手。
“那个，那个是什么啊！”小遥指着前面不断变换小精灵外表的红色不明物体喊道，路卡里奥击散不明物体后一行人趁着空隙继续往前跑。
琪朵把红色物体的影像传了回去：“班库斯，这个是什么？”
“也许是世界创世之树中的类似白血球之类的东西用于清除进入体内的病菌。”班库斯快速的敲打键盘“小姐，请务必小心。”
“细菌，难道是指我们？”琪朵知道接下来都不会好过了，“不过既然世界创始之树是活着的那就没有办法了，班库斯指出出口是哪个方位。”
按照班库斯的指挥小智一行人来到了一个面积比较大的洞室，小智转过身：“我去引开他们。”
“我和你一起去。” 【我和你一起去】渡和路卡里奥同时要求，小智看向琪朵：“那么琪朵小姐，小遥他们就拜托你了！”
“明白了，我们朝那边走！”琪朵领着小遥他们往另一个出口跑去。小智看着里奥路：“里奥路，接下来就拜托你了！”
【小智当然是由我来保护。】里奥路看了一眼路卡里奥【皮卡丘也会是我救出的。】
【你也就会说说了。】对于这个后辈路卡里奥毫不给情面的打击到，渡让快龙阻挡住又跑出来的三神柱：“我们快点走吧！”
来到三岔口，小智猛然回头：“是皮卡丘！”说完便朝一个方向跑去，来到出口便发现在隔了一个峡谷的对面皮卡丘正在那边。
“皮卡皮！”皮卡丘也发现了小智高兴的想要沿着冰柱跑过来不过风太过强大险些吹跑了皮卡丘。
“皮卡丘你别动，我过去！”小智想也没想冲了过去从一个冰柱跳到另一个冰柱上逆着狂风一步一步的接近皮卡丘的所在地。路卡里奥看着小智艰难的和皮卡丘汇合
【他们的感情还是这么深厚啊…】路卡里奥看了看天空【艾伦大人…】
【小智小心啊！】里奥路可没路卡里奥的感伤，眼睛一直追随小智的里奥路明显的发现一股大风明显要把小智吹下峡谷便冲了过去
“小心点啊…”乘着快龙的渡抱住小智飞向皮卡丘一把捞过皮卡丘便向路卡里奥的所在地飞去。
刚刚一落地皮卡丘就迫不及待的跳进小智的怀里求蹭蹭。
“太好了皮卡丘~”小智紧紧的抱住皮卡丘，“妙~”梦幻飞了过来递给小智因为刚刚强风而吹跑的帽子。
【梦幻！】路卡里奥激动的看向梦幻，【你知道奥伦大人在哪里吗？】
“妙？”梦幻不解的歪了歪头
这时候另一边冰神柱已经抵达了目的地开始瞄准小智一行人
“这边，这边！”琪朵在另一边朝小智挥手，一行人快速的躲进石缝虽然和皮卡丘相遇了但是现在一行人必须躲过世界创始之树的“追杀”。
“琪朵小姐，小遥他们呢？”
琪朵眼神暗了暗，“对不起小智。”
小智了解的低下了头，眼前再次出现了阴魂不散的红色物体琪朵眯了眯眼：“大家都被这个东西吞噬了。”
“这边！”路卡里奥指挥大家朝石缝里面跑去
“小姐，出口从这稍微往上走！”耳麦里面的班库斯开口道。一行人马不停蹄的感到出口处却发现出口是在正上方。
“就是那里了！”渡急忙想让快龙带着小智离开刚回神便和琪朵一起被红色物体抓住了而路卡里奥也陷入和钢神柱的桎梏。
“渡！”小智眨眨眼不敢相信的看着渡被吞噬而宝贝龙也在渡被吞噬前放了出来，
“小智，快逃！”这是渡最后的一句话。
“怎么会这样…渡？”也在小智的一松懈下红色物体也围上了小智
“皮卡皮！”皮卡丘看见连忙想要帮忙和里奥路放大招但是搜被吸收掉没有一点用处。
“皮卡丘，对不起…好不容易才见到面不过好像对于世界创世之树来说…我们都是侵入者…”小智也被吞噬了
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“皮卡皮——！”
【小智！】
……
一滴，两滴…越来越多的眼泪掉了下来皮卡丘和所有的小精灵都默默的掉泪，他们的主人，训练家，朋友，家人不见了…
“呐~接下来会怎么样呢~”
“会怎么样呢~”
在转角处小遥和小胜坐在岩石上晃着脚一脸微笑。